По началу все персонажи Наруто находились в Японии. Но не в одном лишь Токио, а разбросаны по различным городам. Но суть не в этом. По неизвестным причинам, все Японские острова были затоплены и ушли далеко на дно Тихого Океана. К счастью, правительство наперёд об этом знало, и в качестве защиты от возможного затопления, они соорудили некий купол над страной. Таким образом, все остались живы, но выбраться наверх никому не удавалась, так как на самом дне Тихого Океана слишком большое давление, и, выбравшись за пределы купола, тут же можно было погибнуть. Но все продолжали жить более или менее нормальной жизнью.
Вскоре были созданы хорошо защищённые, прочные подводные корабли, благодаря которым можно было выплывать наверх и запасаться какими-либо продуктами и всем необходимым. Но в лодку пускали не более чем 5 человек, чтобы можно было больше привезти провианта и прочего